Beschreibung der Beschaffung
Das Institut für Pathologie der Universitätsmedizin Göttingen beabsichtigt im Rahmen eines Forschungsprojektes quantitative Protein-Expressionsprofile von 1 000 Formalin-fixierten und Paraffin-eingebetteten menschlichen Tumoren zu erheben. Die Erhebung soll mit Bezug auf die Anzahl der nachgewiesenen und quantifizierten Peptide und Proteine und die bioinformatische Auswertung möglichst umfassende Informationen zu der Tumorentität liefern. Obligate Leistungsbestandteile des Angebotes:
a) Der Auftraggeber liefert Gewebeproben von insgesamt 1 000 Formalin-fixierten und Paraffin-eingebetteten humanen Tumoren (z. B. als tissue slices – Details hierzu werden nach Vertragsabschluss vereinbart). Dem Auftragnehmer obliegt es, die enthaltenen Proteine zu extrahieren und mittels hochauflösender Massenspektrometrie zu analysieren, so dass ein möglichst umfassender quantitativer Vergleich des Proteinexpressionsprofils aller Gewebeproben ermöglicht wird. Zur vergleichenden Quantifizierung der Proteinexpressionsprofile ist eine reproduzierbare Analysetiefe von mindestens 6 000 quantifizierten Proteinen pro Probe notwendig bei einer möglichst vollständigen Vermeidung von fehlenden quantifizierten Proteinen,
b) Dem Auftragnehmer (AN) obliegt es, die resultierenden massenspektrometrischen Rohdaten bereitzustellen sowie eine Datenanalyse durchzuführen zur Peptid- und Proteinidentifizierung sowie zur Normalisierung der quantitativen Expressionsdaten, so dass eine vollständige Datenmatrix erzeugt wird, die alle identifizierten Proteine mit relativen Mengen über alle Proben hinweg enthält,
c) Der AN muss die geeigneten Protokolle für die Proteinextraktion und –analyse speziell aus Formalin-fixierten Gewebeproben und speziell auch in der angegebenen Anzahl bereits nachgewiesenermaßen (z. B. durch wissenschaftliche Publikationen oder Referenzen) etabliert und angewendet haben, wobei aufgrund von Limitationen der Gewebeproben eine Menge von circa 1 mm Gewebe mit einem Tumorzellgehalt von 60 % für die Analytik ausreichen muss,
d) Der AN muss gewährleisten, dass alle Analysen innerhalb eines verbindlichen Zeitraums von 3 Monaten nach vollständiger Probenübermittlung seitens des Auftraggebers (AG) abgeschlossen sind,
e) Nach der Analyse der Gewebeproben durch den AN ist der verwendete Arbeitsablauf zur Analyse der Proben sowie zur Datenanalyse der resultierenden Rohdaten dem AG insoweit offen zulegen, dass Gewebeproben in Zukunft mit vergleichbaren Ergebnissen auch direkt beim AG analysiert und vergleichend ausgewertet werden können,
f) Durch den AN ist sicherzustellen, dass ein fester Ansprechpartner sowie ein Vertreter für inhaltliche und technische Rückfragen während der gesamten Vertragslaufzeit zur Verfügung stehen. Bei auftretenden Problemen müssen diese spätestens innerhalb eines Arbeitstages für den AG telefonisch oder per E-Mail erreichbar sein,
g) Vertragslaufzeit: 6 Monate ab Auftragserteilung,
h) Alle im Rahmen der Analyse erzeugten Daten werden zum geistigen Eigentum des AG.