Beschreibung der Beschaffung
Lieferung und Montage eines hochauflösenden Elektrospray-Ionisierungs-Tandem-Massenspektrometers in Kopplung mit Nanofluss-Chromatographie (nanoLC/MS/MS) zur Aufstellung in der Wissenschaftlichen Serviceeinrichtung Proteomanalyse (DFG RIsources RI_00483).
— Das zu liefernde System muss folgende Anwendungen unterstützen:
1) Labelfreie Proteomanalyse von Proben aus Zellkultur, Körperflüssigkeiten und Geweben durch sogenannte datenunabhängige Acquisition (Data Independent Acquisition, DIA),
2) Globale Analyse posttranslationaler Proteinmodifikationen wie zum Beispiel Phosphorylierung und Ubiquitinylierung nach Affinitätsanreicherung,
3) Analyse von ProteinInteraktionen in biomolekularen Komplexen oder Zellkompartimenten durch Affinitätsaufreinigungs-Massenspektrometrie sowie Methoden zur Proximitätsanalyse,
4) Analyse direkter Protein/Protein-Kontaktstellen nach chemischem Crosslinking mittels bifunktionaler Crosslink-Reagenzien.
— Das zu liefernde System muss mindestens folgende Teilkomponenten enthalten:
5) Hochauflösendes Tandem-Massenspektrometer mit Quadrupol zur Vorläuferionenisolation, CID-Kollisionszelle, Flugzeit-Massenanalysator und Ionenmobilitäts-Analysator im Interfacebereich, sowie Elektrospray-Ionenquellen zur Arbeit bei Flussraten zwischen 0.05 und 1000 μl min-1,
6) Splitfreie Nanofluss-Chromatographieanlage mit Säulenofen und Integration in die Steuerungssoftware des Massenspektrometers.
Software zur Datenprozessierung (Erstellen und Exportieren qualifizierter Peaklisten, Datenbanksuche zur Proteinidentifizierung aus Tandem-Massenspektren und relativer Proteinquantifizierung sowohl labelfrei als auch nach chemischem/metabolischen Labeling).