Amplikon-Metabarcoding von verschiedenen Markergenen zur Erfassung der Biodiversität und taxonomischen Identifizierung des Phytoplanktons, Phytobenthos, Makrozoobenthos und der Fischartengemeinschaft in Bundeswasserstraßen

Titel

Amplikon-Metabarcoding von verschiedenen Markergenen zur Erfassung der Biodiversität und taxonomischen Identifizierung des Phytoplanktons, Phytobenthos, Makrozoobenthos und der Fischartengemeinschaft in Bundeswasserstraßen
U2/Z3/162.02/021/064

Kurze Beschreibung

Gegenstand der Ausschreibung ist die Dienstleistung von Amplikon-Sequenzierungen zur taxonomischen Profilierung pro- und eukaryotischer Lebensgemeinschaften aquatischer Habitate aus Umweltproben. Hierfür werden verschiedene Markergene genutzt, z.B. 12S-/16S-/18S-rRNA, COI, ITS, rbcL. Die Analysen müssen zur Erreichung der notwendigen Sequenziertiefe mittels Hochdurchsatzsequenzierung unter Verwendung der Illumina Sequenzierungstechnologie erfolgen.
Die Leistung ist dabei in folgende zwei Arbeitspakete unterteilt:
Arbeitspaket 1: Amplikon-Sequenzierung von PCR Produkten im Hochdurchsatz-Verfahren inkl. Index-PCR und Library-Erstellung.
Arbeitspaket 2: Amplikon-Sequenzierung von Index-PCR Produkten im Hochdurchsatz-Verfahren inkl. Library-Erstellung.

Beschreibung der Beschaffung

Arbeitspaket 1:
DNA Aufreinigung der durch den AG gelieferten PCR Produkte (200 - 550bp Länge)
NGS Library-Erstellung mit 2. PCR zur Hybridisierung der Illumina Adaptorsequenzen für jede Probe (Index-PCR)
Aufreinigung, Pooling, Normalisierung und QC der Amplikon-Bibliotheken
Anwendung der Methode des bidirektionalen „paired-end sequencing“ (PE)
Die minimale zu verwendende "read length" wird in Absprache mit dem AG je nach PCR-Produkt-Länge der unterschiedlichen Markergene für die jeweilige Charge festgelegt;
- der Gesamtumfang der Leistung beträgt 250 Proben mit mind. 2 × 150bp, 300 Proben mit mind. 2 × 250bp und 700 Proben mit mind. 2 × 300bp „read length“
- die Auswahl der geeigneten Illumina Sequenzierplattform entsprechend der Mindestanforderungen an die „read length“ sowie der zu verwendenden Reagenzien und Kits/Module liegt in der Verantwortung des AN
- die Überlappung der finalen PE-Reads muss mind. 50bp aufweisen
Mindestanzahl von 50.000 Readpaaren (Cluster) pro Probe
Die Qualität der gelieferten Daten muss mindestens den Spezifikationen der verwendeten Sequenzierungsplattform entsprechen (>70% der Basen mit >Q30)
Die Sequenzrohdaten müssen vom AN in einem vom AG weiterbearbeitbaren Format (z.B. FASTQ-Format) geliefert werden und gemäß ihrer Probenzugehörigkeit sortiert sein
Lieferung der Ergebnisse: maximal 30 Arbeitstage nach Erhalt der Proben
Arbeitspaket 2:
Aufreinigung, Pooling, Normalisierung und QC der Amplikon-Bibliotheken, der durch den Auftraggeber gelieferten Index-PCR Produkte (950 Proben)
Anwendung der Methode des bidirektionalen „paired-end sequencing“ (PE) mit einer "read length" von mind. 2 × 150 bp
Mindestanzahl von ca. 50.000 Readpaaren (Cluster) pro Probe
Die Qualität der gelieferten Daten muss mindestens den Spezifikationen der verwendeten Sequenzierungsplattform entsprechen (>75% der Basen mit >Q30)
Die Sequenzrohdaten müssen vom AN in einem vom AG weiterbearbeitbaren Format (z.B. FASTQ-Format) geliefert werden und gemäß ihrer Probenzugehörigkeit sortiert sein
Lieferung der Ergebnisse: maximal 30 Arbeitstage nach Erhalt der Proben
Technischer Support:
Für Rückfragen zu Analyseabläufen sowie zu Ergebnissen der Qualitätskontrolle und den Sequenzdaten ist ein technischer Support via Telefon und/oder E-Mail zu gewährleisten.
Berichtswesen:
die Berichte sind wie folgt zu fertigen:
- Art des Berichtes: Pro Sequenzierauftrag (Charge) ist ein Analyseprotokoll anzufertigen
- Inhalt: Auflistung der bearbeiteten Proben; Dokumentation der Probenaufarbeitung und Library-Erstellung; Aufführung der verwendeten Kits, Techniken, Ressourcen, Programme und Analysenparameter
- Zeitpunkt der Vorlage: mit Lieferung der Sequenzier-Ergebnisse
- Form: digital (Word- und/oder PDF-Format) per E-Mail an den jeweiligen, pro Sequenzierauftrag verantwortlichen Ansprechpartner des AG
Die genaue Beschreibung der Leistung entnehmen Sie bitte der Leistungsbeschreibung.

Liste und kurze Beschreibung der Bedingungen

Angaben zur Eintragung in das Berufsregister
Erklärung, dass sich das Unternehmen bei der Berufsgenossenschaft angemeldet hat
Nachweise über die berufliche Befähigung des Bewerbers (Gewerbeanmeldung, Handelsregisterauszug)
Eigenerklärung über zwingende und fakultative Ausschlussgründe nach § 123 und § 124 GWB (im Vordruck Eigenerklärung zur Eignung enthalten)

Liste und kurze Beschreibung der Auswahlkriterien

Erklärung, dass eine Berufshaftpflichtversicherung / eine Betriebshaftpflichtversicherung in Höhe von jeweils mindestens 1.500.000,00 € für Personen und sonstige Schäden nachgewiesen bzw. im Auftragsfall vor Zuschlagserteilung abgeschlossen wird.
Erklärung über den Gesamtumsatz in den letzten drei abgeschlossenen Geschäftsjahren, sofern entsprechende Angaben verfügbar sind
Erklärung über den Gesamtumsatz in den letzten drei abgeschlossenen Geschäftsjahren über den konkreten, in der Bekanntmachung definierten Tätigkeitsbereich des Auftrags, sofern entsprechende Angaben verfügbar sind

Liste und kurze Beschreibung der Auswahlkriterien

Angabe der technischen Fachkräfte oder der technischen Stellen, die im Zusammenhang mit der Leistungserbringung eingesetzt werden sollen, unabhängig davon, ob diese dem Unternehmen angehören oder nicht, und zwar insbesondere derjenigen, die mit der Qualitätskontrolle beauftragt sind.
Studien- und Ausbildungsnachweise sowie Bescheinigungen über die Erlaubnis zur Berufsausübung für die Inhaberin, den Inhaber oder die Führungskräfte des Unternehmens
Erklärung, aus der die durchschnittliche jährliche Beschäftigtenzahl des Unternehmens und die Zahl seiner Führungskräfte in den letzten drei Jahren ersichtlich ist

Bedingungen für die Teilnahme (technische und berufliche Fähigkeiten)

Die mit der Ausführung der Leistungen betrauten Personen des AN müssen in der Lage sein, mit den Ansprechpartnern des AGs in deutscher oder englischer Sprache zu kommunizieren.
Erklärung bzw. Nachweis über das Vorhandensein von Illumina Sequenzierungsgeräten im Unternehmen des AN, welche für die Erfüllung der unter AP1 und AP2 geforderten Leistung notwendig sind
Zertifizierung nach DIN EN ISO 9001 und/oder DIN EN ISO/IEC 17025
Referenzen im Bereich des Next-Generation-Sequencing mit der Illumina Sequenziertechnologie, insbesondere des Amplikon-Metabarcoding.