Beschreibung der Beschaffung
Das zu beschaffende hochauflösende Massenspektrometer (mit ESI-Quelle) wird unter anderem, aber nicht ausschließlich, bei folgenden Fragestellungen eingesetzt werden:
Analytik von Proben (qualitative und quantitative Analyse von Proteinen und Peptiden) aus verschiedenen Quellen und Matrices (unter anderem rekombinante Proteine, Zelllinien, Gewebe, Organe, Serum/Plasma, Urin). Diese Analysen werden je nach Probenmenge und-beschaffenheit sowohl mit chromatographisch aufgetrennten Peptidmischungen als auch mit nicht fraktioniertem Material (single shot") durchgeführt.
Analytik von Proben (Zell- und Gewebelysate; qualitativ und quantitativ) mit sehr geringer Konzentration (Stammzellen, Primärmaterial, FACS-angereicherte Zellen mit Gesamtproteinmengen im sowohl niedrigen als auch sub-Müg Bereich).
Analyse (qualitativ und quantitativ; sowohl gezielt als auch in größerem Maßstab ("large-scale")) von post-translationalen Modifikationen (Phosphorylierung, ADP-Ribosylierung, Ubiquitinylierung, u.ä.) in den oben angeführten Proben.
Analyse und Quantifizierung von ausgewählten Peptiden (zielgerichtete ("targeted") Messungen)
Um diese Messungen von teilweise hochkomplexen Proben durchführen zu können, wird ein hochempfindliches Massenspektrometer mit einer Auflösung von mindestens 60000 FWHM benötigt, um unter anderem auch Signale von Peptiden/Tags mit fast identischen Massen auflösen zu können.
Zusätzlich muss das zu beschaffende Massenspektrometer über die Möglichkeit der Analytauftrennung mittels Ionenmobilität verfügen.
Das zu beschaffende Massenspektrometer muss ebenso über eine Möglichkeit der gezielten Akkumulation einer definierten Ionenanzahl sowohl für MS1 als auch MS2 verfügen, um unter anderem auch bei niedrigen Konzentrationen der zu messenden Analyten eine genaue Quantifizierung vornehmen zu können.
Von besonderer Bedeutung sind des weiteren folgende Merkmale und anzuwendende Techniken, die von diesem Massenspektrometer zu erfüllen sind:
Außergewöhnlich hohe Identifizierungsraten bei Verwendung von komplexen Peptidgemischen in der "bottom-up" Proteomik
Akkurate markierungsfreie Quantifizierung ("label-free") von komplexen Peptidgemischen
Sehr genaue Multiplex-Quantifizierung (Markierung der Peptide mit isobarischen Reagenzien (Isobarenmarkierung), bis zu 18-plex Markierung (TMTpro 18-plex)) . Besonders für die Quantifizierung von isobaren Masstags ist gerade im niedrigen Massenbereich (z.B. 200 m/z) eine hohe Auflösung von > 60000 FMHW (bei 200 m/z) erforderlich.
Möglichkeit der Daten-unabhängigen Erfassung (data independent acquisition, DIA) in komplexen (unter anderem unfraktionierten) Proben.
Analyse und Quantifizierung von ausgewählten Peptiden (zielgerichtete ("targeted") Messungen)
Ein Auswertesoftwarepaket muss in das Angebot inkludiert sein.
Ein Stickstoffgenerator muss in das Angebot inkludiert sein.
Im Angebot muss ein Nanofluss (nanoflow) Flüssigchromatographiesystem (nano-LC) mit eingeschlossen sein.
Alle wesentlichen technischen Merkmale sind im Leistungsverzeichnis angegeben.