Proteomics Messung (DigiMed)

Kurze Beschreibung

Leistungsbeschreibung Beschreibung der Proben Die KORA Studie (Kooperative Gesundheitsforschung in der Region Augsburg) ist eine Langzeit-Bevölkerungsstudie des Helmholtz Zentrum München Deutsches Forschungszentrum für Gesundheit und Umwelt (GmbH) in der Region Augsburg in Süddeutschland. In regelmäßigen Abständen werden Untersuchungen mit Blutabnahmen durchgeführt, um die Zusammenhänge von Gesundheit, Krankheit und den Lebensumständen der Bevölkerung zu untersuchen. Im Mittelpunkt stehen dabei kardiometabolische Erkrankungen ebenso wie Umweltfragestellungen. Aus der KORA S4 und den Nachuntersuchungen F4 und FF4 soll eine Proteomics Analyse im Längsschnitt durchgeführt werden. Es liegen insgesamt 9.405 Plasma Proben vor, die sich folgendermaßen aufteilen: KORA Studie Probenentnahme Teilnehmer S4 1999-2001 N = 4205 F4 2007-2008 N = 3000 FF4 2013-2014 N = 2200 Probenbehandlung Die Abnahme, Plasmagewinnung und -80°C Langzeitlagerung erfolgte standardisiert. Protokolle zur Abnahme und Lagerung können auf Anfrage bereitgestellt werden. KORA-Studie Aliquotierung Langzeitlagerung Auftauen Plasmamenge S4 Straws mit MAPI Anlage -80°C in flüssigem Stickstoff 1 x, Überführung in FluidX ca. 100 - 130 µl * F4 Straws mit MAPI Anlage -80°C in flüssigem Stickstoff 1 x, Überführung in FluidX ca. 150 µl * FF4 FluidX -80°C in der Gasphase von Stickstoff - 200 µl * Die Plasmamenge bei S4 und F4 ist eine Schätzung, da das Plasma nicht immer gleich gut aus den Straws extrahierbar ist. Probenbereitstellung Die Anlieferung der Proben erfolgt durch einen vom AG ausgewählten Lieferanten auf AG Kosten, in ein bis drei Lieferungen nach gegenseitiger Absprache. Der AN lagert die Proben bei mind. -80°C und die entnommenen Plasmamengen werden dokumentiert. Die Dokumentation der Lagerung und Probenentnahme wird bei Projektabschluss an AG übergeben. Nach Abschluss der Messung erfolgt die Abholung der Restproben durch den AG auf dessen Kosten. Die Proben werden auf 96er Platten in FluidX Röhrchen geliefert, insgesamt 97 Platten plus eine Testplatte (siehe unten). Jede Platte enthält 91 Proben mit einer Probenmenge von min. 80 - 200 µl und 5 leeren Slots für Standards. Die leeren Slots befinden sich an der jeweils gleichen Position auf jeder Platte. Der AN stellt 5 geeignete und erprobte Standards und Plasmaproben-Qualitätsmarker für jede Platte, die immer mitgemessen werden müssen. Die Auswahl der Standards und Plasmaproben-Qualitätsmarker erfolgen nach gegenseitiger Absprache. Technische Anforderungen 1. Hochdurchsatz-Flüssigkeitschromatographie - High-End-Massenspektrometer (LC-MS/MS)-Technologie für qualitativ hochwertige und reproduzierbare Plasma Proteomics Daten für bis zu 9.405 Proben. 2. Hoher Automatisierungsgrad für die Robustheit der Messung, wie z.B. hochmoderne Probenvorbereitung durch In-Solution-Aufschluss, Probenverfolgung über die gesamte Messpipeline, Echtzeit-Überwachung der Geräteleistung. 3. Etablierte Qualitätsbewertungsstrategien zur Korrektur von Qualitätsproblemen, wie z.B. randomisierte Messungen, etablierte Standardarbeitsanweisungen, Verwendung von Standards und Plasmaproben-Qualitätsmarker-Panelen für die Reproduzierbarkeit und Leistung der Probenvorbereitung und des LC-MS-Maschinen, regelmäßige Kalibrierung aller Instrumente und Dokumentation. 4. Die Einhaltung aller Qualitätskriterien müssen dem AG regelmäßig (z.B. monatlich oder nach Absprache) übermittelt werden. 5. Bei Proben, deren Ergebnisse die Qualitätskriterien nicht erfüllen und wo nicht dem AG mangelnde Probenqualität nachgewiesen werden kann (Beweispflicht liegt bei AN) erfolgt durch AN Wiederholung ohne Mehrkosten für AG. Bei Proben, die ohne erkennbare Schuldhaftigkeit des AN auch das zweite Mal nicht messbar sind erfolgt die gemeinsame Suche nach Ursachen und gütliche Einigung. Bioinformatische Anforderungen 1. Die Rohdaten müssen im Open-Source-Format vorliegen und alle erzeugten Datenpunkte müssen elektronisch lesbar und in strukturierter Form (z.B. XML) für den Import in eine Datenbank verfügbar sein. 2. Die Software für die Rohdateninterpretation und Analysesoftware muss als offener Quellcode öffentlich verfügbar sein. 3. Die bioinformatischen Schritte zwischen den Rohdaten und den biologisch interpretierbaren Daten erfolgt beim AN und muss inkl. ausführlicher Dokumentation und Quellcode in R dem AG übergeben werden. 4. Der AN übermittelt die Rohdaten und die nachbehandelten Daten inklusive Dokumentation regelmäßig, z.B. quartalsmäßig. Der AN übermittelt die Abschlussdokumentation inkl. des kompletten Quellcodes zum Projektende. 5. Die Rückverfolgbarkeit der Daten erfolgt idealerweise auf der Basis von Python- und Jupyter-Notebooks. Vergleich mit LC-MS/MS Proteomics Testdaten - Verifizierende Teststellung Die zwei günstigsten Anbieter werden aufgefordert eine kostenlose Testmessung einer bereitgestellten 96er Platte zu machen, um die Qualität und Reproduzierbarkeit zu belegen. Die Testmessung muss im Vergleich zu den beim AG vorliegenden LC/MS Daten folgende Kriterien erfüllen: 1. Die gemessenen Proteine müssen zu mindestens 70 % im AG Datensatz reproduzierbar sein. 2. Die durchschnittliche Proteintiefe darf nicht mehr als 5 % unter 200 Proteinen betragen. 3. Erythrozytenlyse, Thrombozytenkontamination und partielle Gerinnung in Proben schlechter Qualität müssen in gleichem Maße identifizierbar sein. 4. Der technische Variationskoeffizient darf im Durchschnitt nicht mehr als 20 % abweichen. Die AG Daten wurden auf einer Bruker timsTOF Pro Plattform, gekoppelt mit einem EvosepOne LC System im data-dependent acquisition (DDA) Mode gemessen. Weitere Einstellungsparameter sind auf Anfrage vom AG erhältlich. Die weitere Vorgehensweise ist mit den entsprechend in Frage kommenden Bietern abzustimmen. Der AG kommt hier auf die Bieter zu. Die Auswahl der Bieter zur Teststellung stellt keine Garantie auf den Zuschlag bzw. auf eine Auftragserteilung dar. Der AG behält sich auch bei Erreichen der Testqualität eine Auftragsvergabe vor. Eignungskriterien - Beginn: 09/2021 - Ende: spätestens 01/2023 - Preisangebot als Komplettpreis für alle 9.405 Proben, umgerechnet auf Preis/Probe. Das Angebot muss die die Probenlagerung und jeglichen weiteren Aufwand des AN beinhalten. Der AN hat keinen Anspruch auf die Messung aller Proben. Der AG behält sich vor, die Messung bei nicht gleichbleibender Qualität abzubrechen. Die Kosten hierfür trägt der AN . - Die Rechnungsstellung erfolgt nach Absprache. - Es ist der Jahresumsatzes anzugeben, mindestens 150.000 €. - AN muss bestätigen, dass kein Insolvenzverfahren eingeleitet ist oder bevorsteht. Mit Kenntnis über ein Insolvenzverfahren ist der AG unverzüglich darüber zu unterrichten. - Es sind 3 vergleichbare Referenzprojekte mit mind. 1000 Proben in den letzten 3 Jahren einzureichen. - Der Zeitraum für Entwicklung und Vorbereitung soll max. 4 Monate betragen - Monatliches Probenvolumen muss angegeben werden, min. Durchsatz pro Monat, t a t 95% - Nennung des Laborverantwortlichen inkl. CV - Technische Prozesse, Geräte und Ausstattung sind anzugeben - Mit den Vergabeunterlagen wird der Auftragsverarbeitungsvertrag (AVV) mitgeliefert (HMGU Formular) - vor verifizierte Teststellung muss dieser unterschrieben vorliegen. - Business Continuity & Desaster Recovery" BCDR) - Eine kurze Bestätigung und Beschreibung der BCDR Maßnahmen muss dem Angebot beizufügt werden. - AN hat keine Rechte an den gemessenen Daten. Bis zur endgültigen Löschung nach Projektende sind diese vertraulich zu behandeln und dürfen nicht an Dritte weitergegeben werden. Die Löschung erfolgt nach Rücksprache mit mind. 4 Wochen Ankündigungsfrist und ist im AVV festgelegt. AN muss AG unverzüglich einen fachgerechten Nachweis über die Löschung erbringen. - Ein initiales Treffen zum Kennenlernen und Abstimmung über Milesstones und Rechnungsstellung, sowie regelmäßiger Austausch in angemessenem Umfang sind einzuplanen. - Nebenabreden sind schriftlich zu treffen und sind rechtlich bindend. - Benennung eines kompetenten Ansprechpartners (single point of contact) und Stellvertreter mit grundsätzlicher Erreichbarkeit zu Arbeitstagen 9-17 Uhr. - Reaktion auf Emails und insbesondere Probleme spätestens am nächsten Arbeitstag (Reaktionszeit ≠ Lösungszeit).